3D 메시 생성할 때 토폴로지 깨지는 이유 뭔가요

깨끗한 토폴로지 3D 메시를 만들려고 하는데 매번 엣지가 꼬이고 버텍스가 겹쳐요. Maya에서 서브디비전 쓰면 나중에 오브젝트 늘리거나 회전시킬 때 틈새로 빛샘이 생기더라고요. 한두 번은 무시하면서 일했는데, 씬 파일이 커질수록 렌더링 에러가 늘어나니까 도저히 넘길 수가 없네요.

지금까지 발견한 문제는 내부에 죽은 폴리곤이랑 5폴리곤 정점도 있고, 면이 겹쳐있는 케이스인데 혹시 이걸 자동으로 잡아주는 툴이나 플러그인이 있나요? Blender나 Maya에서 스크립트 돌려서 자동 정리하는 노하우 있으신 분 계실까요. 첨부 이미지처럼 non-manifold edge만 골라서 고치는 과정이 너무 노가다거든요.